有负面影响的做法包括土壤耕作，增加营养物质的供应，特别是可溶性磷（减少对共生的需求），以及使用杀菌剂。
接种的作物对诸如干旱、盐度、营养缺乏、重金属的存在和不利的土壤pH值等非生物胁迫有不同的反应，但反应将部分取决于AMF的繁殖地点和方式。然而，一般来说，面对上述压力的接种作物往往表现出独特的方式。
干旱。众所周知，AMF在植物的根部形成菌丝，这增加了根部的表面积。这就意味着表面积增加，植物可以通过它吸收更多的营养和水。
盐度。盐度被认为会对AMF产生负面影响。作为回报，AMF已被证明可以抑制盐度对作物的不利影响。虽然在盐碱地上繁殖的AMF的大部分影响被抵消了，但你更有可能体验到作物性能的改善。
营养物质的缺乏。最近的几项研究发现，AMF接种与园艺作物的养分吸收增强之间存在正相关关系。如上所述，这部分是与增加的根系表面积有关的。事实上，AM真菌更适应于吸收某些营养类型，也可能是一个促成因素。
重金属。AMF通过将矿物质固定在其生物质中，给植物一个额外的表面来分配毒性，从而损害了重金属对作物的典型表现。
不利的土壤pH值。 在相同的土壤pH值条件下，接种AMF的作物比未接种的植物产生更高的生物量和可销售的产量，并改善酸性土壤通常含量较低的钾、钙和镁阳离子的营养状况。AMF接种还可以增加铁、锌、钾、磷和锰阳离子的营养状况；增加叶绿素含量；改善植物体内的二氧化碳同化。
AMF可以刺激植物的初级和次级代谢，因此，植物化学物的生物合成和积累也被称为次级代谢物。这发生在植物的防御被AMF根系定植所触发的结果。对几种芳香和园艺植物进行了研究，监测AMF接种后植物化学物的生产变化，记录了亲脂和亲水抗氧化剂积累的净增加。一些植物显示出精油的浓度增加，而其他植物产生更多的假高丽参和高丽参。总的来说，不同的植物物种对接种不同种类的AMF有不同的反应，因此准确地选择带有AMF菌株的物种是获得营养丰富的作物必须的。
AMF与其他生物刺激剂的区别在于，它们不受环境因素的抑制，几乎所有的植物物种都能形成。通过配合使用有机肥料和轮作等有利做法，用户可以使菌根真菌成为大量园艺投入的有效替代品。
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Rouphael, Youssef, et al. "Arbuscular Mycorrhizal Fungi Act As Biostimulants In Horticultural Crops."Scientia horticulturae，第196期，第91-108页。 Doi:10.1016/j.scienta.2015.09.002
